一些乱七八糟的为什么

为什么要建立超胞？

1. 避免周期性镜像间的互相影响
2. 考虑多分⼦吸附时的多种构象

如果只计算体性质，用原胞（primitivecell）就可以，建立超胞（supercell）的目的是什么？

我们一般建立晶胞，设置 k 点进行计算，那么建立超晶胞的目的何在呢？

（1）掺杂问题

1)建立超胞是为了获得合适的掺杂浓度；

2)清晰地分成置换固溶体或间隙固溶体

（2）表面吸附问题

1）可以模拟不同晶向的吸附密度；

2）要避免吸附的气体分子和镜像分子间有作用；

https://www.zhihu.com/question/282248524

Materials Studio

懒得写了的

建模

问题 17： 如何快速、准确地选取某一类原子或者原子团，以及它们的组合体？

答： MS 的计算结束后，下一步是进行结果分析，常见如：结合（作用）能量计算、浓度（浓度）分布（Concentration Profile）、均方位移（Mean Square Displacement，MSD）、径向分布函数（Radial Distribution Function，RDF）、回转半径（Radius of Gyration）等等。即便是常见的结合能计算：E_interaction = E_total - (E_surface + E_adsorbate)也是需要分别选取不同原子（团）作为分析目标。所以，结果分析的第一步，是要准确无误地选取分析目标。

作业：CO吸附在Au上建模

任务：建立CO在Au 111 晶面的吸附模型

步骤：导入Au模型，切111面，建立超胞，加真空，加CO分子。

结果：

作业：矩形石墨烯建模

任务

建立矩形的石墨烯模型

步骤

1. 导入石墨烯结构

   import - Structures\ceramics\graphite.msi

2. Make P1 降低对成性

   Build -> Symmetry -> Make P1，

   删掉一层C原子层

3. 切面

   Build -> Surfaces -> Cleave Surface

   Surface Box - Cleave plane: 001

   Surface Mesh - Surface vectors - U: 210

4. 超胞

   Build -> Symmetry -> Supercell

   Supercell range A=3, B=5 (60 C atoms)

5. 真空层

   Build -> Crystals -> Build Vacuum Slab

   Vacuum orientation： C

   Vacuum thickness: 20 Å

6. 将原子层移动到Z方向中部（只是看起来方便）

7. Display style -> Lattice -> display style -> style -> In cell

8. 修改背景、标尺、晶格的颜色等

9. Save and Print to PDF